"Dalam film ini diceritakan ada fasilitas baru di Teluk Tokyo Edge of Ocean yang akan dijadikan tempat Tokyo Summit. Sebanyak 22.000 petugas polisi dipersiapkan untuk mengamankan pertemuan yang akan dilaksanakan pada tanggal 1 Mei, namun sebuah ledakan berskala besar terjadi. Terdapat bayangan Toru Amuro, atau dikenal dengan “Zero” yang tergabung dalam National Police Agency Security Bureau. Conan yang penasaran merasa curiga dengan perilaku misterius Amuro yang bergerak diam-diam di balik insiden pengeboman yang terjadi sebelum hari puncak.
Dari sidik jari yang tertinggal di tempat kejadian terbukti milik Kogoro Mouri yang sebelumnya terdaftar di Kepolisian Metropolitan. Conan yang mulai bertentangan dengan Amuro atas penangkapan Kogoro mendengar kasus aneh di mana Amuro pernah memaksa tersangka untuk bunuh diri di masa lalu. Dan ketika mencoba memutuskan tuduhan terhadap Kogoro, di dalam area metropolitan Tokyo, pada saat yang bersamaan, berbagai tindak terorisme yang tidak dapat dimengerti terjadi. Sementara Conan dan Public Security mendekati konspirasi tersembunyi dalam insiden tersebut, pada hari puncak pertemuan tersebut, pesawat ruang angkasa tak berawak “Hakuchō” menyelesaikan misi di Mars dan kembali ke Bumi."
